L'histoire du musée commence à la station de sériciculture du Caucase - un institut de recherche et un centre éducatif de la région du Caucase fondé en 1887. Le fondateur du complexe, le biologiste Nikolay Shavrov, a développé le concept de la station basée sur le modèle européen. La station visait à contrôler la santé des œufs de vers à soie avec la méthode Pasteur, à promouvoir et à développer la sériciculture et l'apiculture dans toute la région. Depuis la création de la Station séricicole, le musée a joué un rôle important dans les activités éducatives avec ses collections diversifiées. Il a contribué activement à la sensibilisation du public.
La station séricicole du Caucase était située sur le territoire du jardin Mushtaidi et comprenait 23 bâtiments à usages différents, dont il ne reste aujourd'hui que le bâtiment du musée et la résidence des employés. L'auteur du projet architectural du complexe et de la conception du mobilier d'exposition est un architecte d'origine polonaise basé à Tbilissi Aleksander Szymkiewicz.
La Station séricicole du Caucase a changé de fonction et de statut à plusieurs reprises au cours de l'histoire. En 1929, elle a été transformée en un Institut de recherches scientifiques qui a fonctionné jusqu’aux années 1970. En 1981, le bâtiment a été transféré au stade Dinamo et l'existence du musée a été menacée. Entre 1986 et 1988, le combat pour sauver le musée, mené sous la direction d'Irine Chotorlishvili, s'est terminé avec succès. Le bâtiment a été placé sous l’autorité du Département de la sériciculture et, en 1996, il a été déclaré monument du patrimoine culturel matériel d'importance nationale. En 2006, la gestion de l'établissement a été transférée du Ministère de l'Agriculture au Ministère de la Culture et le statut du musée lui a été attribué.
